Uno de los aspectos más novedosos de la Ley 16/2002, estableció una figura autonómica de intervención ambiental que se crea para la protección integral del medio ambiente en su conjunto. Se trata de una única autorización previa a la puesta en marcha que pretende simplificar los trámites administrativos existentes hasta ese momento. 

La Ley, para hacer efectiva la prevención y control de la contaminación, supedita la puesta en marcha de las instalaciones industriales incluidas en su ámbito de aplicación a la obtención de un permiso escrito, que deberá concederse de forma coordinada cuando en el procedimiento intervengan varias autoridades competentes. 

En este permiso, denominado en la Ley 11/2003 Autorización Ambiental Integrada, se fijarán las condiciones ambientales que se exigirán para la explotación de las instalaciones y, entre otros aspectos, se especificarán los valores límite de emisión de sustancias contaminantes, que se basarán en las Mejores Técnicas Disponibles, tomando en consideración las características técnicas de la instalación, su implantación geográfica y las condiciones locales del medio ambiente. 

De otro lado, al régimen de Licencia Ambiental se somete la construcción, montaje, explotación, traslado o modificación sustancial de instalaciones en que se desarrollen actividades, de titularidad pública o privada, no sometidas a autorización ambiental integrada y que figuren como actividades molestas, insalubres, nocivas y peligrosas. Será igualmente necesaria nueva licencia para modificar la clase de actividad. 

El fin de esta licencia es valorar las afecciones de las actividades sujetas a este instrumento sobre la salud humana y el medio ambiente en su conjunto, incluyendo todos los condicionamientos de carácter ambiental necesarios para la prevención y reducción en origen de las emisiones a la atmósfera, al agua y al suelo, y la adecuada gestión de los residuos generados. 

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